Tumeurs du cerveau : un outil qui les classe d'après la méthylation de leur ADN

Pourquoi les tumeurs du cerveau sont-elles difficiles à classer ?

On connaît environ 100 types de tumeurs du système nerveux central, c'est-à-dire du cerveau et de la moelle épinière. Certaines guérissent souvent par la seule chirurgie, d'autres sont très agressives. Le bon type de tumeur guide donc tout le traitement.

Le diagnostic repose sur l'examen des tissus au microscope par un neuropathologiste. Or, pour de nombreux types de tumeurs, deux médecins qui regardent le même prélèvement n'arrivent pas toujours à la même conclusion.

Les chercheurs ont cherché une signature plus objective, lisible dans l'ADN de la tumeur elle-même.

Qu'ont fait les chercheurs ?

Ils se sont intéressés à la méthylation de l'ADN : de petites marques chimiques posées sur l'ADN qui règlent quels gènes sont actifs. Chaque type de tumeur garde un motif de marques qui lui est propre, un peu comme une empreinte.

L'équipe a rassemblé 2 801 échantillons de référence, répartis en 91 classes, dont des tissus sains du cerveau. Un outil d'apprentissage automatique, une forêt aléatoire de 10 000 arbres de décision, a appris à reconnaître chaque classe. Il donne un score de confiance : au-dessus de 0,9, la tumeur est rattachée à une classe.

L'outil a ensuite été testé en conditions réelles sur 1 155 nouveaux cas, avant d'être proposé gratuitement en ligne.

Quels résultats ont été obtenus ?

Le profil de méthylation a pu être fait pour 1 104 tumeurs. L'outil en a rattaché 88 % à une classe connue avec un score d'au moins 0,9. Pour 76 % des tumeurs analysées, son résultat concordait avec le diagnostic au microscope.

Dans 139 cas, les deux résultats différaient. Après des examens complémentaires, le diagnostic initial a été revu dans 129 de ces cas, en faveur de la classe proposée par l'outil. Cela représente 12 % de tous les cas.

Dans 171 cas, l'outil a aussi précisé un sous-groupe moléculaire que le microscope seul ne permettait pas de connaître.

Qu'est-ce que cela change pour les patients ?

Un diagnostic plus précis peut changer le traitement proposé et l'information donnée sur l'évolution de la maladie. L'outil est gratuit en ligne et ne demande pas d'analyse informatique sur place, ce qui l'ouvre à de nombreux hôpitaux.

Il ne remplace pas le neuropathologiste : il s'ajoute à l'examen au microscope pour un diagnostic qui combine l'aspect des tissus et leur profil moléculaire.

Quelles sont les limites ?

Pour 4 % des cas, le prélèvement ne convenait pas, souvent parce qu'il contenait trop peu de cellules tumorales. Et parmi les tumeurs profilées, toutes n'ont pas pu être rattachées à une classe avec assez de confiance.

Les auteurs notent que les cas étudiés ne reflétaient pas exactement ceux de la pratique courante. L'outil dépend aussi de l'équipement nécessaire pour mesurer la méthylation de l'ADN, qui n'est pas disponible partout.